平成23年度
- 文部科学省の博士課程教育リーディングプログラムとして本学から採択された「超域イノベーション博士課程プログラム」と「生体統御ネットワーク医学教育プログラム」を、それぞれ第一部門、第二部門として受け入れ。
平成24年度
- 文部科学省の博士課程教育リーディングプログラムとして本学から採択された「インタラクティブ物質科学・カデットプログラム」、「ヒューマンウェアイノベーション博士課程プログラム」、「未来共生イノベーター博士課程プログラム」の3プログラムを、それぞれ第三部門、第四部門、第五部門として受け入れ。
- 本学におけるライフサイエンス系の研究ポテンシャルを一層高め、部局横断的な創薬科学研究を推進するため、第六部門として「創薬基盤科学研究部門」を創設。
- 人間指向のロボット研究を中心に、認知科学、脳神経科学を含めた認知脳システム学の確立を目指して、第七部門として「認知脳システム学研究部門」を創設。
平成25年度
- 未来戦略機構の教育研究活動におけるマネジメントを支援するとともに、学内外における教育研究に係る調査・解析を行い、本学における教育改革や新たな研究、グローバル化に関する戦略の企画・提言を行う『戦略企画室』を創設。
- 本学における光量子科学に関する研究ポテンシャルを一層高め、部局横断的な光量子科学研究を推進するため、第八部門として「光量子科学研究部門」を創設。
- 研究型総合大学の長期的な発展に向けた研究を行い、その研究成果を学内外に広く発信するため、『研究室部門』を創設し、卓越した研究型総合大学としての成長のシナリオの作成等を行う「次世代研究型総合大学研究室」を設置。
- 教育研究活動を全学的かつ戦略的に推進するとともに、教育研究基盤の強化を図ることを目的として、既設の八部門からなる『教育・研究推進部門』を創設。
- 「未来トーク」を開始。
平成26年度
- 本学におけるグローバルヒストリーに関する研究ポテンシャルを一層高め、部局横断的な世界史研究を一層推進するため、『教育・研究推進部門』に第九部門として「グローバルヒストリー研究部門」を設置。
- 大学として支援する研究活動および教育交流活動の国際化を包括的に推進するため、海外からの研究者受入のホスト部門として『グローバル化推進部門』を創設。
平成27年度
- 科学技術・イノベーションに関する先見的課題探索並びに輿論形成・深化のための提言を行うため、『研究室部門』に「科学技術政策研究室」を設置。
平成28年度
- 『戦略企画室』、『グローバル化推進部門』、『研究室部門』が経営企画オフィス他へ改組。
平成29年度
- 『教育・研究推進部門』の第六部門～第九部門が、先導的学際研究機構へ移行。
平成30年度
- 博士課程教育リーディングプログラムで培った人材育成などの成果を定着させ、社会の変化および新たな学問領域の発展に対応する部局横断的な学位プログラムを全学的に推進することにより、本学の大学院教育の充実・改革を図るとともに、共創イノベーションを担う優れたグローバル人材を育成することを目的として、国際共創大学院学位プログラム推進機構へと改組。
令和元年度
- 医歯薬生命分野において、「研究実践力」と「社会実装力」の涵養を図るため、『生命医科学の社会実装を推進する卓越人材の涵養部門』を創設。
令和2年度
- 放射性核種・中性子・ミューオンなど多彩な量子ビームに関わる国内外の大学、機関、企業が連携して、「次世代量子ビーム応用技術の創出を先導する人材を持続的に育成すること」を目的として、『多様な知の協奏による先導的量子ビーム応用卓越大学院プログラム部門』を創設。
- 博士課程教育リーディングプログラムの成果を引き継ぎ、大阪大学の理工情報系の10部局（理学研究科、工学研究科、基礎工学研究科、情報科学研究科、産業科学研究所、蛋白質研究所、接合科学研究所、レーザー科学研究所、核物理研究センター、サイバーメディアセンター）とデータビリティフロンティア機構、数理・データ科学教育研究センター、ナノサイエンスデザイン教育研究センターが一体となって運営する『理工情報系オナー大学院プログラム部門』を創設。
令和3年度
- 学際融合を推進し社会実装を担う次世代挑戦的研究者育成プロジェクトの企画及び実施を統括するため「次世代研究者育成推進室」を設置。
令和4年度
- DWAAを中心とする大学院共通教育の全学的な推進・展開を更に進めるため、全学教育推進機構において大学院レベルの横断型教育を担っている部門（「横断型教育統括部門」）を国際共創大学院学位プログラム推進機構に移管・機能集約を行い両機構の連携体制を強化。
令和6年度
- 大学院教育改革を全学的かつ戦略的に推進するとともに、大学院教育体制の基盤強化を図ることを目的として、学際大学院機構へ改組。
- 卓越した研究拠点の優れた環境における高いレベルでの教育研究を行うことにより、新しい研究領域を切り拓き、世界の研究を先導する卓越した次世代の研究者を育成することすることを目的として、新たに「感染症学・免疫学学位プログラム部門」を創設。
- 大阪大学の人文社会科学系の部局等が一体となって運営する「人文社会科学系オナー大学院プログラム部門」を創設。